يقوم التخمير المظلم بتحويل المواد العضوية إلى الهيدروجين والأحماض الدهنية المتطايرة. وتعتمد كفاءة العملية على تركيب المادة الخام، وخصائص اللقاح (Inoculum)، والظروف التشغيلية مثل درجة الحرارة ودرجة الحموضة (pH).